Ngay cả trước khi Katipunan bị phát hiện, José Rizal đã xin một chân bác sĩ trong quân đội Tây Ban Nha ở Cuba nhằm thuyết phục chính quyền Tây Ban Nha về sự trung thành của ông với Tây Ban Nha. Yêu cầu của ông được chấp thuận và ông được đến Manila để lên một chuyến tàu đến Tây Ban Nha. Trong khi Rizal đang trên đường đến Tây Ban Nha, thì một bức điện tín đã được gửi đến Port Said, nói rằng ở Philippines có một tổ chức đang lãnh đạo nhân dân nổi loạn. Ngay lập tức, Rizal đã bị nghi là kẻ chủ mưu của cuộc "nổi loạn". Ông bị áp giải về Philippines và bị hành quyểt bằng súng trường ngày 30 tháng 12 năm 1896 tại cánh đồng Bagumbayan (nay là quảng trường Rizal).

Trong khi Rizal đang bị một tòa án quân sự tuyên án vì tội phản bội, các tù nhân đã tham gia Chiến dịch Pinaglabanan - Sancho Valenzuela, Ramón Peralta, Modesto Sarmiento và Eugenio Silvestre - đã bị hành quyết vào ngày 6 tháng 9 năm 1896 tại Bagumbayan.

Các nhà chức trách Thực dân Tấy Ban Nha cũng đã truy tố những người có trong danh sách các thành viên Katipunan ở tòa soạn Diario de Manila, nơi họ tìm thấy bằng chứng buộc tội không chỉ những người dân thường mà còn có các nhà tư sản giàu có ở Philippines.

Những người tử đạo cũng đã bị hành hình vào ngày 4 tháng 1 năm 1897 tại Bagumbayan. Họ là Manuel Abella, Domingo Abella, linh mục Inocencio Herrera, Gabriel Prieto và Severino Díaz, Camio Jacob, Tomas Prieto, Florencio Lerma, Macario Valentin, Cornelio Mercado và Mariano Melgarejo.

Thực dân Tây Ban Nha bắt giữ và tịch thu tài sản của các doanh nhân nổi tiếng: Francisco Roxas, Telesforo Chuidian và Jacinto Limjap. Mặc dù có thể có bằng chứng cụ thể rằng Chuidian và Limjap đã tài trợ cho cách mạng nhưng không có bằng chứng chống lại Roxas ngoại trừ việc ông ta đã tham gia tài trợ Phong trào Tuyên truyền. Ngay cả Mariano Ponce, một nhà lãnh đạo khác của Phong trào Tuyên truyền, cho biết việc bắt giữ Roxas là "sai lầm chết người". Tuy nhiên, Francisco Roxas bị buộc tội phản bội và bị tử hình vào ngày 11 tháng 1 năm 1897 cũng tại Bagumbayan. Ngày 6 tháng 2 năm 1897, Apolonio de la Cruz, La Mã Basa, Teodoro Plata, Vicente Molina, Hermenegildo de los Reyes, Joes Trinidad, Pedro Nicodemus, Feliciano del Rosario, Gervasio Samson và Doroteo Domínguez cũng bị tử hình Bagumbayan.

Nhưng các vụ hành quyết, đặc biệt là vụ hành quyết Rizal, chỉ làm tăng thêm làn sóng bất bình trong dư luận, khiến các cuộc nổi dậy ngày càng gia tăng. Các thành viên Katipunan hô vang khẩu hiệu chiến đấu: Mabuhay ang Katagalugan! (Katagalugan muôn năm! - Katagalugan là thuật ngữ của Katipunan cho Philippines) và Mabuhay si Dr. José Rizal! (Tiến sĩ José Rizal muôn năm!). Đối với các thành viên Katipunan, José Rizal là Chủ tịch danh dự của Katipunan.